Cztery małe żółwiki i szczur pod wpływem kontaktu z żelem zwanym Ooze mutują, rosną i chodzą jak ludzie. Szczur, który kiedyś obserwował wschodnie sztuki walki uczy żółwie jak walczyć i posługiwać się bronią. Wkrótce przyjdzie im wykorzystać swoje umiejętności. Miasto popada w ręce bandziorów, wielu młodych ludzi zapisuje się do gangu, którego przywódcą jest niejaki Shredder, dawny wróg szczura Splintera. Leonardo, Donatello, Michelangelo oraz Rafaello decydują się z nim walczyć. A jedyną osobą w mieście, która chce im pomóc jest dziennikarka April O'Neal.

Ojciec Haley Graham (Missy Peregrym), po serii jej wyskoków i konfliktów z prawem, nie ma już najmniejszego pomysłu na to, jak utrzymać córkę w ryzach. A dziewczyna naprawdę ma fantazję! Gdy jej ostatni wybryk ponownie kończy się przed sądem, ten orzeka, że ma się stawić w renomowanej Akademii Gimnastyki Vickermana.

Agent Interpolu Louis Salinger (Clive Owen) oraz asystentka prokuratora generalnego Eleanor Whitman (Naomi Watts) za wszelką cenę pragną doprowadzić przed oblicze sprawiedliwości władze jednego z najpotężniejszych banków świata. W trakcie śledztwa, które prowadzi ich z Berlina do Mediolanu, Nowego Jorku i Stambułu, Salinger i Whitman.