Tytuł przenosi nas do roku 2046. Kilka dekad wcześniej naukowcy badający Antarktykę odkrywają w jednej z próbek lodu tajemniczy starożytny wirus obcego pochodzenia. Wkrótce wymyka się on spod kontroli i atakuje wszystkie formy życia, które spotyka na swojej drodze. W obliczu globalnej pandemii ludzkość okazała się bezsilna i w krótkim czasie została zdziesiątkowana. Miejsce zwierząt i ludzi zajęły przerażające zmutowane stwory, kryjące się we mgle pokrywającej znaczną powierzchnię Ziemi. Ocalali chronią się w odosobnionych enklawach, walcząc na co dzień o przetrwanie z ciągle zmieniającymi się i adaptującymi do nowych warunków przeciwnikami. Inspiracją dla deweloperów była twórczość H.P. Lovecrafta, a także filmowe horrory, reżyserów takich jak David Cronenberg. Historia przedstawiona w Phoenix Point posiada kilka zakończeń, które otrzymujemy w zależności do decyzji podjętych podczas kampanii.

Phoenix Point czerpie pełnymi garściami inspirację z oryginalnego X-COM jak i jego uwspółcześnionych wersji (XCOM: Enemy Unknown i XCOM 2). Nie znaczy to jednak, że twórcy wykorzystali jedynie rozwiązania mechaniczne poprzedników. Gracze dowodzą jednym z ostatnich bastionów ludzkości (tytułowy Phoenix Point), dbając o jego rozwój, bezpieczeństwo oraz zasoby, a także operacje militarne. Podobnie jak w XCOM, w trakcie rozgrywki operujemy także na globalnej mapie świata, poszukując innych ludzkich osad i wykonując zlecone przez nie misje. Istotne będą też ukryte lokacje, w których pozyskujemy zasoby niezbędne do rozwoju bazy i ekwipunku. Nawiązując kontakt z innymi frakcjami może okazać się, że nie wszystkie są przyjaźnie nastawione. Niektóre oddają wręcz religijną cześć monstrom stworzonym przez wirusa, inne dążą do współżycia lub kompletnej eksterminacji tych przeciwników. W zależności od naszych stosunków z innymi grupami, możemy wykorzystać także ich unikalne technologie i bronie. Aspekt polityczny i ekonomiczny zabawy będzie zrealizowany na znacznie większą skalę niż w przypadku XCOM, miejscami przypominając strategie studia Paradox.

Większa część czasu spędzamy trybie taktycznych walk turowych, w którym dowodzimy złożonym przez nas oddziałem. Praktycznie wszystkie lokacje, w których zmierzymy się z przeciwnikami, są generowane losowo. Dodatkowo twórcy wprowadzili system zniszczeń otoczenia, dający nam zupełnie nowe strategiczne możliwości. Mapy są w dużej części przykryte mgłą stworzoną przez wirus, w której ukrywają siłę oponenci. Podobnie jak poszczególne lokacje, także przeciwnicy są tworzeni przez silnik gry w sposób proceduralny. Co ciekawe, zmutowane przez wirus stwory dopasowują się do naszego stylu rozgrywki. Jeśli w jednej z misji atakujemy głównie przy użyciu broni snajperskiej, w następnej możemy liczyć na to, że staniemy w oko w oko z wyewoluowanymi wrogami, którzy dysponują zdolnościami kontrującymi tego rodzaju oręż. Gracze mogą, podobnie jak w serii Fallout, celować w konkretne części ciała przeciwników, co okaże się istotne zwłaszcza w walce z najgroźniejszymi wielometrowymi behemotami, przypominającymi wytwory lovecraftowskiej wyobraźni.